biowee
级别: 荣誉会员
精华:
0
发帖: 193
威望: 98 点
镭: 105 L
贡献值: 0 点
在线时间:56(小时)
注册时间:2005-03-23
最后登录:2010-01-25
|
BioInfoServ1.0（基于hiweed-linux desktop）的定制构建(本帖全面更新）
全面更新本帖-2007-7-22
BioInfoServ是一个基于Xubuntu Linux构建和开发，以生命科学研究及生物信息分析为应用目的的生物信息平台系统。BioInfoServ具有良好的生物信息运行环境及用户分析界面，包含上百个生物信息应用软件，能有效地完成生物数据处理、序列比对分析、结构功能预测、分子模拟与进化研究、文献管理及论文写作等科研分析工作，是生命科学家或生物学家良好的科研分析平台。
同时，BioInfoServOS亦能完美顺畅实现日常办公、网络冲浪、影音娱乐以及文档演示等日常需求，能带来Microsoft Windows系统所从没有过的个性化愉悦体验和高效率冲击。由于具有linux固有的特性，BioInfoServOS还可以让您远离病毒频繁攻击和漏洞缺陷侵扰等烦恼，极大地提高您日常工作以及生命科学研究的效率和成效，极大地减少您在系统管理和软件选择上的支出与开销。
当前新版本为3.0，新版的硬件需求如下：
处理器（CPU）：>=1.0GHz
内存（Memory）：>=384M
光驱：CD读取速度>=24X，DVD读取速度>=16X，缓存>=512K
硬盘：转速>=5200，空间大小>=10G。
站点:http://www.bioinfoserv.org
生物软件
1. bioinfoserv-desktopmenu_1.0.1.1_i386.deb
这是针对BioInfoServOS的系统菜单修订文件，安装它可以将您的系统程序菜单添加生物软件方面的类别，同时，为了让系统程序菜单在显示上又条理，还对其中的一些涉及到的其他软件类别进行归类和编修。总之，是为了美化的作用。这个包适合于xfce4桌面。
2.bioinfoserv-themes_2007-13-07_1.3_i386.deb
这个文件针对系统的图标、风格，以及启动动画，登录界面进行美化。适合于GNOME/xfce4/KDE桌面，不过由于制作上的不全面性，仅仅对xfce4桌面支持要全面些。
3.bioinfoserv-base-directories_1.0-20_i386.deb
这是本系统生物信息软件的基本目录设定与配置文件，它默认将随后安装的生物软件全部安装到/usr/local/bioinf下，以利于管理和查看。而且它也是安装其他一些生物软件所依赖性的软件包。
4.bioinfoserv-emboss_3.0.0-5_i386.deb
这是一个综合性开放源代码的生物信息分析软件包，可以进行核酸、蛋白质序列的各种分析，而且其接口开放，任何人都可以基于它进行开发，打破了向商业软件发展的模式。极力推荐使用这个软件包。
5.bioinfoserv-ape_1.2-3-2_i386.deb
这是系统发育学和进化研究工具包，基于R语言编写。
APE (Analyses of Phylogenetics and Evolution) is a package written in R. APE aims to be both a computing tool to analyse phylogenetic and evolutionary data, and an environment to develop and implement new analytical methods.
6.bioinfoserv-proteindesktop_1.0_i386.deb
这是一个开源的基因设计软件，可以高表达可能设计重组DNA分子.
IBG GeneDesigner is an open-source product available for free download. It is still in development, but it can be used to design a nucleotide sequence for a particular protein (amino acid sequence) such that it will be optimized for the highest possible expression when used as a recombinant DNA fragment in a particular organism.
http://gridweb.cti.depaul.edu/twiki/bin/view/IBG/IBGSoft
7.MassSorter
这个软件包可以管理和分析蛋白质质谱仪实验数据。
administrating and analyzing data on proteins mass spectrometry experiments
8.bioinfoserv-taxinspector_2007.07.14.1.0.3b.deb
NCBI数据库分类浏览器。
TaxInspector is a NCBI Taxonomy browser。
9.bioinfoserv-sa_2007.07.14_1.6.0_i386.deb
这个软件可以进行ORF寻找，引物设计，酶切图谱分析以及序列操作等工作。
The purpose of Sequence Analysis is to find out orf, design primer,enzymes digest,sequence manapunation etc.
10.bioinfoserv-melecularbentch_2007-07-14_1.3_i386.deb
这 是一个JAVA web传输的多语言、多编码的分子平台系统，可以进行化学动力学，点子结构图谱，分子三维构建分析等，支持8中文件格式，如PDB，CML，xyz， PNG，JPG，GIF，TXT，MWS等的打开，其运行需要事先在home/$username/Application Data/Molecular Workbench/cache有相应的文件目录缓冲。
11.bioinfoserv-arb_2007.7.11_i386.deb
这个软件的目的是处理各种序列数据库(导入、导出、格式化等）和数据分析，在数据库处理上，功能强大。
The ARB software is a graphically oriented package comprising various tools for sequence database handling and data analysis.
12.bioinfoserv-act_5.0-1_i386.deb
这是sanger中心开发的DNA基于Artemis的序列比较分析查看软件。
ACT (Artemis Comparison Tool) is a DNA sequence comparison viewer based on Artemis．
13.bioinfoserv-artemis_8.0-1_i386.deb
这是一个基因组浏览和注释可视化工具，界面与上面的act几乎一样，只是主要功能不同。
Artemis is a free genome viewer and annotation tool that allows visualization of sequence features and the results of analyses within the context of the sequence, and its six-frame translation. Please see the file readme.bioinfoserv for suggestions about files to edit when running Artemis on BioInfoServ machines.
14.bioinfoserv-sight_2007.07.14_3.1.8_i386．deb
这是一个自动化基因组数据挖掘工具，目标是让使用者无需编程，也能完成复杂的数据挖掘工作。
automating genomic data-mining without programming skills.
15.bioinfoserv-agro_1.0.18_i386.deb
这是一个基于java的基因组浏览器，可以进行全基因组的手工注释和可视化处理。
The Argo Genome Browser is the Broad Institute’s production tool for visualizing and manually annotating whole genomes.
16.bioinfoserv-interproscan_2007-07-14_1.01_i386.deb
这是一个很著名的蛋白质功能注释分析的软件包，它是由EBI 开发，集成蛋白质结构域和功能位点的数据库（如SWISS-PROT,TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom 等数据库提供的蛋白质序列中的各种，如结构域，motif等信息），是一个较为全面的蛋白质功能结构分析工具。这个deb包包含了基于本地命令行的软件，也提供可基于网络的jips图形界面。可参考的文献为http://www.biomedcentral.com/1471-2105/7/462，软件主页在http://www.virology.ca/。这个软件还可以基于本地网络进行应用，Java GUI for InterProScan Local client(JIPS)就是基于本地web服务器，这个方式可以让那些具有强大局域网服务器的研究单位建立分析应用。当然，它的前提是，你必须建立 web服务器，并配置好相应的服务器端。这个可以查看/usr/local/jips/client or server中的文件就可以知道了。如果要配置相应的web服务地址，那么打开 /usr/local/bioinf/jips/client/jips.jnlp和 /usr/local/bioinf/jips/server/servers/jips/jips_server.properties这两个文件进行修改配置。
17.bioinfoserv-chinook_2007.07.14_1.02_i386.deb
这是一个基于p2p技术的生物信息节点计算平台，利用这个技术，可以把登录这个软件的所有计算机空闲能力集中起来进行生物学计算，这个思路应该说相当优秀。
chinook is a peer-to-peer (P2P) bioinformatics platform.参考站点：http://smweb.bcgsc.bc.ca/chinook/index.html
18.bioinfoserv-apollo_2006-2.27-1.6.5_i386
这是一个开放性果蝇基因组计划的产物，主要是可以图形化浏览果蝇基因组注释结果。
Apollo is a collaborative open source project between the Berkeley Drosophila Genome Project, the Sanger Institute and the EBI.
19.bioinfoserv-jexproler_2007.07.14_2.7_i386
J-Express Pro是一个芯片分析软件，界面友好，目前这已经商业化。
J-Express Pro is a comprehensive portable software package for analysis and visualization of microarray data.
http://www.molmine.com/jexpress/
20.bioinfoserv-wise_2007.07.14.2.1.20-2_i386.deb
这是一个DNA和蛋白质序列比较工具。
Wise2 is a package focused on comparisons of biopolymers, commonly DNA sequence and protein sequence.
21bioinfoserv-phylip_3.65-2_i386.deb
这是一个系统发育和系统进化分析的研究工具，尽管PAUP为很多人称道，但是这个工具也具有paup一样的强大功能，甚至更好（http://blindscientist.genedrift.org/）。
PHYLIP is a free package of programs for inferring phylogenies. It is distributed as source code, documentation files, and a number of different types of executables.
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
其他系统软件
1.良好的办公系统：文字处理工具有openoffice.org和永中office 2007,较好地解决了和microsoft office的兼容和访问问题。其次是快速的字处理软件：Gvim, Mousepad, geditor等。
2.良好的图形、文档阅读工具： gimp, Draw diagrams, freemind, xfig, picasa, GQview, Ksnapshot, Freemind, Gcolor2, Chmsee， QcomicBook
3. 良好的多媒体工具： vlc, mplayer, totoem, beep, isomaster, gnomeBaker, k3b, gtk-soapcast, MythTV
4. 良好的下载工具：Mutiget，prozigui, wget, myget, FileZilla, amule, Azureus, Gftp, Bitsrorm lite BT
5. 良好的网页浏览器：firefox, Mozilla web broswer
6. 良好的聊天沟通工具：Lumaqq, eva , Topioca Gtalk , XchatIRC, Ekiga, Gaim
7. 良好的桌面搜索工具：beagle, SearchMonkey
8. 良好的系统管理工具：系统启动管理工具(bootup-manager, process manager, gnome-system-monitor),系统清理工具 （kleansweep, remove orphaned packages), 分区管理工具（gparted), 磁盘文件恢复（dares, photorec), 磁盘镜像 partimage), 文件备份（unison),字体管理 （dfontgr), 系统光盘制作（UbuntuCustomizationKit， reconstructor), 系统配置文件编辑器 （xorg-edit)
9.系统安全：firestar, avast!
10.其他： 网页制作（nvu）， 文件比较（meld), 颜色代码提取（gcolor2), 辞典 （星际译王），单词背诵 （轻轻松松背单词），软件安装 （synaptic), 三维桌面 (beryl+xgl, lg3d )
11.跨平台移植：Easywine, Hiweedlayer，可以安装运行来自windows的软件。
12. 生物软件系列：Jemboss, Staden, Apollo, Argo, Artemis, clcworkbentch, BioUMl, IBGDesktop, sightPlygon, Blast, Clustw, partgene等以及基于firefox浏览器的biobar, biofox和 zotero等生物插件，同时还包含文献管理和密码管理工具：Bibus，Pybilographic Bibilography manager, revelation等。
[ 此贴被biowee在2010-01-25 16:07重新编辑 ]
|
BioInfoServ Project（生物信息应用平台快速部署计划）
http://www.bioinfoserv.org
|
[楼 主]
|
Posted: 2007-01-12 18:24 |
| |
华镭社区论坛 -> 应用程序 -> BioInfoServ1.0（基于hiweed-linux desktop）的定制构建(本帖全面更新）
