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华镭社区论坛 -> 应用程序 -> BioInfoServ1.0(基于hiweed-linux desktop)的定制构建(本帖全面更新)
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chenyiming




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正在下dvd,
支持

[40 楼] | Posted: 2007-11-01 19:04 顶端
guazi111




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嗯嗯,可以和学校的生物专业合作啊
[41 楼] | Posted: 2007-11-03 13:46 顶端
biowee


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应该有机会,但目的不仅仅于此。

BioInfoServ Project(生物信息应用平台快速部署计划)

http://www.bioinfoserv.org
[42 楼] | Posted: 2007-11-27 22:34 顶端
biowee


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xubuntu 7.10已经出来好久了,现在终于把它请到了机器里。感觉这个新版本的确不错,稳定性上大大加强,而且修正了很多xubuntu 6.10中的问题,原本等hiweed Desktop 2.0出来,看来是等不到了,还是先起炉灶,采用 xubuntu 7.10先期进行BioInfoServOS2.0的相关工作,待hiweed desktop 2.0出来后,再吸收其优点。

另基于rays的BinfoServDeb软件仓库正在制作之中。


BioInfoServ Project(生物信息应用平台快速部署计划)

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[43 楼] | Posted: 2007-11-27 22:36 顶端
chaos


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加油,加油~~

DELL 1501,AMD Turion64X2 TL-56,RS480,SB600,ATI Radeon Xpress 1150
[44 楼] | Posted: 2007-11-27 23:32 顶端
biowee


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rays2.0无法进入,“安装后的初始化配置陷入死循环的进来”经验无法使用

首先要申明的是,安装时采用的是虚拟机(virtualbox,以前采用vmwareplayer没有出现以下问题,只是整理硬盘时将原有rays安装删除)安装的,目的只有一个,为rays2.0迁移生物信息软件包,但是,今日发现安装rays2.0后,安装完毕重新启动,virtualbox虚拟的显卡没有得到识别,卡在tty1下,其他控制台都没法调用,用户名和密码均还没有添加。http://forum.openrays.org/read-htm-tid-5058.html中的解决方式亦无效。如下图,如何才能得到解决?




另外,从上面的图片可以看出,rays2.0移植了一些ubuntu中的软件包?希望rays在拥有自己的特色情况下,能和ubuntu这样一些版本有良好的兼容性,让linux世界彼此多一些兼容。为此,在迁移生物信息软件包的时候,也考虑到了这个问题:BioInfoServDeb将能充分地运行于debian为基础的发行版本上。


现在在启动的时候修改启动选项,直接修改为单用户模式(下图,参照ubuntu的方式,添加single),仍然不能解决。





[ 此贴被biowee在2007-12-03 10:39重新编辑 ]


BioInfoServ Project(生物信息应用平台快速部署计划)

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[45 楼] | Posted: 2007-12-03 10:18 顶端
biowee


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图片:


图片:


图片:


图片:

BioInfoServ Live DVD 1.1光盘映像是基于Live CD 1.1(xubuntu 6.06/Hiweed desktop 1.01)制作的,因此跟原来的BioInfoServ Live CD 1.1的关系就是预置了精选软件并进行了一定程度的系统加强,这主要是为新用户烤制而成的。不过,这个Live DVD映像采用了BioInfoServ Live CD 2.0的gdm登录界面,预示2.0将很快释放,如后面是相关图片:

生物软件

基因组注释浏览工具:appollo;
序列工(分析、处理、浏览工具):arb,seaview, DDV oneD,blixem;
P2P分布式分析服务工具:chinook, magnus, BOINC Manager;
序列比对分析:blast,clustx,fasta;
分子图形工具:pymol,cn3D;
分子进化工具:phylip, NJplot
综合分析平台:jemboss, ncbi-tools,InterprScan, clc free workbentch, staden, sight;
数据库工具:NCBI TaxInpector

系统其他工具:

1.系统工具:

预置了防火墙firestar;
系统信息工具:hardinfo,gnome-system-monitor
磁盘工具QTparted,qparted(分区编辑),disks-admin(分区加载),pysdm(存储设备管理器),JDiskReport(磁盘空间报告工具);
软件包工具:synaptic(新立得),Kinstaller(源代码安装器), debcreator(deb打包器);
字体工具:fontforge(字体浏览器);xfontsel(字体编辑器),dfontmgr(字体注册器);
虚拟工具:vmwareplayer,virtualbox,winedoor,wine,crosoveroffice(专业版6.2).

2.设置工具:

系统启动设置工具:bootupmanager,sysv-rc-conf, Aservices-admin;
wine设置工具:winecfg
KDE应用程序外观设置器:QT3 configuration
Java应用程序控制台工具:j2re1.4,sun-java5
xfce4桌面设置系列工具:显卡,声卡,网卡,用户管理,用户界面设置等等;

3.网络应用程序:

网页浏览器:firefox 2.0/3.0 beta; Internet Exproler,lynx
下载工具:kget, gwget, gftp,fileZilla,Multiget,webdup, flashget1.5;
聊天工具:lumaqq,tencent qq, topioca Gtalk;
网路电视:miro
网路状态分析:ethereal, wireshark
远程主机登录器:rdesktop
电子邮件:sypheed

4.图片工具:

图片处理工具:gimp2.4
图片浏览工具:gqview, gthumb
抓图工具:Hypersnapshot, Ksnapshot
流程图绘制工具:xfig

5.视媒体工具:

播放器:beep,Mplayer, Amarok,foobar2000,Totem,Audacious
光盘刻录程序:k3b, Gnomebaker
录制工具:gnome-sound-recorder

6.办公工具:

字处理套件:eioffice 2007,Openoffice.org(2.3)
ppt播放器:pptview
阅读器:aobe reader,Chmsee
PDF编辑器:jarnal
密码管理器:revelation
文档出版:Scibus
文献管理:referencer,Bibus
笔记记录:NoteTaker
跨平台windows程序移植:CrossOverOffice(6.2)

7.文件系统工具:

文件搜索:Catfish, google Desktop,
文件系统管理:thunar
FTP站点文件列表工具:ftp list
文件命名工具:Bulk Rename
文件差异:meld

8.开发工具:

css编辑器:cssed editor
网页编写:nvu
xml编辑器:xml copy editor
颜色拾取器:gcolor

9.附件工具

光盘加载器:gmountISO
农历查看器
辞典:stardict
编辑器:NotePad++
文档压缩:winrar,PeaZip
桌面标尺:gruler
行事记录安排:rainlendar

详情见:www.bioinfoserv.org

另外要说明的,在BioInfoServOS 2.0中,将会再预置一个emboss-exproler软件,其他的软件还在挑选中。



















[ 此贴被biowee在2008-03-04 19:56重新编辑 ]


BioInfoServ Project(生物信息应用平台快速部署计划)

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[46 楼] | Posted: 2008-03-04 19:50 顶端
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